อุทยานฯ หาดเจ้าไหม พื้นที่ดินมีป่าไม้สมบูรณ์หลากหลายทั้งป่าดงดิบ ป่าเขาหินปูน ป่าชายหาด และป่าชายเลน และยังเป็นแหล่งระบบนิเวศที่สำคัญทั้งระบบนิเวศป่าชายเลน หญ้าทะเล และแนวปะการัง จึงเป็นแหล่งที่อยู่อาศัยของสัตว์น้ำมากมาย
อุทยานฯ หาดเจ้าไหม จุดเด่นของอุทยานฯ ทางทะเลแห่งนื้คือการเหมาเรือแล้วล่องทะเลไปดำน้ำชมปะการัง เที่ยวถ้ำบนเกาะ และชมความมหัศจรรย์ของโลกท้องทะเลสวยงาม คุณสามารถเหมาเรือได้ที่ท่าเรือปากเมง ท่าเรือหลักที่จะพาคุณไปเกาะมุก เกาะที่มีโพรงถ้ำให้คุณได้ว่ายน้ำ และพายเรือเข้าไปชมความงามสุดมหัศจรรย์ของถ้ำมรกต เกาะกระดาน อยู่ห่างจากที่ทำการอุทยานฯ 12 กิโลเมตร เป็นที่ตั้งของหน่วยพิทักษ์อุทยานฯ ให้คุณได้ดำน้ำชมปะการัง และตั้งแค้มป์ได้ด้วย เกาะเชือก เป็นเกาะเล็กๆ ที่อยู่ในวงล้อมของเกาะมุกและเกาะกระดาน มีแนวปะการังค่อนข้างสมบูรณ์
